Käytä Naoena hiiviskelyä välttääksesi paljastumisen ja ketteryyttä hämmentääksesi vihollisesi. 
Iske Yasukena vihollisiasi tappavalla tarkkuudella ja voimalla. 
Avaa uusia taitoja, varusteita ja muita etuja jokaiselle hahmolle.
Tee tiedosta aseesi, kun tutkit maailmaa, ja rakenna oma vakoojaverkostosi, joka toimii silminäsi ja korvinasi eri paikoissa seuraavan kohteesi metsästämiseksi. 
Matkan varrella voit värvätä uusia liittolaisia, joilla on ainutlaatuisia kykyjä tehtäviesi suorittamiseen.
Luo täysin muokattava piilopaikka kasvavalle shinobi liigallesi, kun koulutat miehistöäsi, valmistat uusia varusteita, olet vuorovaikutuksessa avainhahmojen kanssa ja valitset tukikohtasi asettelun, koristeet ja tarvikkeet.