Tom Clancy’s Ghost Recon: Breakpoint asettaa Sinut Ghostien saappaisiin, jotka ovat vihollislinjojen taakse jääneiden Yhdysvaltojen erikoisjoukkojen eliittiä.

Tällä kertaa ei ole mitään käskynjakoa ja yhteys Auroaan on katkennut. Tämä saaristo-alue on teknologiayhtiö Skell Technologyn koti. Sinut lähetään yksikkösi kanssa tiedustelutehtävälle, mutta helikopterinne ammutaan alas ja Skell Tech on päätynyt vääriin käsiin. Wolves, tappava Yhdysvaltojen armeijan entinen yksikkö, on ottanut saaren haltuunsa. Entisen aseveljesi, eversti Cole D. Walkerin johtama yksikkö on ohjelmoinut Skellin droonit tappokoneiksi, joita he ovat valmiina käyttämään uhreista piittaamatta.